Dalam dakwaannya, Jaksa penuntut umum (JPU) pada Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) Wawan Yunarwanto, meminta majelis hakim mengadili dan menyatakan Lukas Enembe terbukti secara sah dan meyakinkan menerima suap Rp45,8 miliar dan gratifikasi Rp1,9 miliar. Wawan Yunarwanto, meminta hakim menjatuhkan pidana terhadap terdakwa dengan pidana penjara selama sepuluh tahun dan enam bulan.
Lukas Enembe dengan nama lahir Lomato Enembe diyakini terbukti secara sah dan meyakinkan bersalah melakukan tindak pidana korupsi sebagaimana dalam dakwaan satu pertama melanggar Pasal 12 huruf a UU Tipikor jo Pasal 55 ayat 1 ke-1 KUHP jo Pasal 65 ayat 1 KUHP dan dakwaan kedua melanggar Pasal 12 B UU Tipikor.
Jaksa penuntut umum meminta Lukas dijatuhi pidana tambahan untuk membayar uang pengganti sejumlah Rp47,8 miliar selambat-lambatnya satu bulan setelah putusan pengadilan memperoleh kekuatan hukum tetap. Jika dalam jangka waktu tersebut terdakwa tidak membayar uang pengganti, maka harta bendanya disita oleh jaksa dan dilelang untuk menutupi uang pengganti tersebut. Dalam hal terdakwa saat itu terpidana tidak mempunyai harta benda yang mencukupi untuk membayar uang pengganti, maka dipidana penjara selama 3 tahun.
Ia diadili atas kasus dugaan suap senilai Rp45,8 miliar dan gratifikasi sebesar Rp1 miliar. Tindak pidana itu dilakukan Lukas pada rentang waktu 2017-2021 bersama-sama dengan Kepala Dinas Pekerjaan Umum Papua 2013-2017 Mikael Kambuaya dan Kepala Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang (PUPR) 2018-2021 Gerius One Yoman.
